बीज मन्त्र मन्त्रको बीज हो । यो बीजले मन्त्रको विज्ञानलाई छिटै फैलाउँछ । कुनै पनि मन्त्रको शक्ति बीजमा हुन्छ । मन्त्रको जप तबमात्र प्रभावशाली हन्छ जब योग्य बीज छनोट गरिन्छ । बीजले, मन्त्रको देवताको शक्तिलाई जगाउँछ ।

प्रत्येक बीजमन्त्रमा अक्षरको समूह हुन्छ । उदाहरणको लागि – ॐ, ऐं, क्रीं, क्लीम्